A Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (EBSERH) foi criada em 2011 como uma medida do Governo Federal para reestruturação de hospitais vinculados às instituições federais de ensino superior. Onde houve adesão, a EBSERH vem dando apoio técnico à elaboração de instrumentos que propiciem a melhora na gestão e elaboração de uma matriz de distribuição de recursos, tendo contratado a Fundação Instituto de Pesquisas Contábeis, Atuariais e Financeiras (FIPECAFI) para conceber, desenvolver e implantar uma metodologia de identificação, mensuração e informação de custos para os hospitais universitários sob sua administração. Considerando que a avaliação dos custos e de desempenho são relevantes para subsidiar o processo decisório e fomentar o controle social, o presente estudo tem como objetivo analisar as perspectivas de desenvolvimento de um sistema de custos nos hospitais universitários após a adesão à EBSERH. Para tratar a questão da pesquisa, foi realizada entrevista com os gestores de contabilidade dos hospitais universitários da Região Centro-Oeste por meio de videoconferências no mês de junho de 2016, a partir de um roteiro composto por quinze perguntas, sendo que no Hospital Universitário de Brasília a entrevista ocorreu de maneira presencial, devido à proximidade física do mesmo. Os achados do estudo mostram que a adesão à EBSERH contribuiu para disseminar a importância do controle de gastos e insumos com vistas à identificação de gargalos e redução de desperdícios, e incentivou a participação dos atores nas atividades desenvolvidas dentro do hospital universitário para a implantação de um sistema de custos.