Existe uma carência de estudos na área de saúde pública voltados ao conhecimento dos custos. Pesquisas internacionais estão mais avançadas nesta área e revelam que é preciso conhecer os custos para melhor gerenciar os resultados. Esta pesquisa tem por objetivo diagnosticar os custos da saúde pública municipal. Foi realizada uma pesquisa quantitativa e descritiva, nos maiores municípios de Santa Catarina. O levantamento foi com base nos dados contábeis publicados nos balanços oficiais dos últimos seis anos. A composição funcional da saúde, sua participação no total de gastos do município, o custo por habitante e a relação entre as variáveis, revelam que os custos com saúde foram em média de 24,96% do total dos custos municipais, com variação entre 18,61% e 34,73%. A análise estatística demonstrou existir forte correlação entre o valor do custo Total com Saúde e as subfunções de Assistência Hospitalar e Ambulatorial (0,84), Suporte Profilático e Terapêutico (0,73) e Demais Subfunções (0,75), além de correlações existentes entre as subfunções. Uma contribuição importante desta pesquisa é a relação inversa que existe entre algumas subfunções da saúde, as quais foram explicadas com base em estudos internacionais semelhantes. Verificou-se que quanto mais se aplica em atenção básica, menor o custo com assistência hospitalar e profilática, fato que deve ser levado em conta quando do planejamento da saúde pública. Durante a análise são comparados os resultados com outras pesquisas, nacionais e internacionais, evidenciando que existe ainda um campo vasto a ser explorado na área de custos com saúde pública